Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

24.06.2019 8:30 0

Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

отчет по результатам генетического анализа образцов тканей мумий, найденных в Перу. Данный отчёт подготовлен в ноябре 2018 года.

Исполнители

Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

  • CEN4GEN labs (6756 – 75 Street NW Edmonton, AB Canada T6E 6T9) – подготовка и секвенирование образцов.
  • ABRAXAS BIOSYSTEMS S.A.P.I. DE C.V. (Мексика) – компьютерный анализ данных.

После предварительного анализа на качество из 7 представленных образцов были отобраны 3 образца для последующего анализа.

Образцы для анализа

ОбозначениеОригинальное названиеУсловное имяРисунокAncient-0002Neck Bone Med Seated 00-12 Victoria 4ВикторияРис.3.117Ancient-00031 Hand 001Отдельная рука с 3 пальцамиРис.3.118Ancient-0004Momia 5 — DNAВикторияРис.3.117

Для этих образцов были выполнены следующие операции:

  • Извлечение ДНК.
  • Проверка качества ДНК.
  • Мультиплицирование ДНК.
  • Создание библиотеки ДНК.
  • Секвенирование ДНК.
  • Формирование очищенных секвенированных данных.
  • Контроль качества.
  • Предварительных анализ наложением ДНК ридов на геном человека.
  • Анализ для выделения коротких ридов ДНК типичных для древних ДНК.
  • Наложение ДНК ридов Ancient0003 на имеющиеся библиотеки генома человека.
  • Митохондриальный анализ для обнаружения вариантов D-петель и других информативных участков для определения митохондриальных гаплотипов.
  • Определение половой принадлежности образцов Ancient0003.
  • Выявление возможных посторонних организмов в образцах.
  • анализ баз данных ДНК для выявления сходства с известными организмами.
  • Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

    Для выявления возможных типов организмов, присутствующих в образцах Ancient0004 и Ancient0002 (Виктория) был проведен геномный ДНК скетчинг DNA sketching (Ondov et al., 2016), в котором используется сопоставление групп коротких фрагментов, k-mers, с доступными базами данных. Был использован программный пакет BBTools software.

    Были проверены следующие организмы:

  • Bacteria.
  • Virus.
  • Plasmids.
  • Phages.
  • Fungi.
  • Plastid.
  • Diatoms.
  • Human.
  • Bos Taurus.
  • H penzbergensis.
  • PhaseolusVulgaris.
  • Mix2: Label for the following genomes:
    • Lotus japonicus chloroplast, complete genome.
    • Canis lupus familiaris cOR9S3P olfactory receptor family 9 subfamily S pseudogene (cOR9S3P) on chromosome 25.
    • Vigna radiata mitochondrion, complete genome.
    • Millettia pinnata chloroplast, complete genome.
    • Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, whole genome shotgun sequence.
    • Asinibacterium sp. OR53 scaffold1, whole genome shotgun sequence.
    • Bacillus firmus strain LK28 32, whole genome shotgun sequence.
    • Bupleurum falcatum chloroplast, complete genome.
    • Alicycliphilus sp. B1, whole genome shotgun sequence.
    • Bacillus litoralis strain C44 Scaffold1, whole genome shotgun sequence.
    • Chryseobacterium takakiae strain DSM 26898, whole genome shotgun sequence.
    • Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
    • Bacillus halosaccharovorans strain DSM 25387 Scaffold3, whole genome shotgun sequence.
    • Rhodospirillales bacterium URHD0017, whole genome shotgun sequence.
    • Bacillus onubensis strain 10J4 10J4_trimmed_contig_26, whole genome shotgun sequence.
    • Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, whole genome shotgun sequence.
    • Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, whole genome shotgun sequence.
  • Vertebrates: Label for the following genomes:
    • Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
    • bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
    • bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
    • GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
    • GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
    • GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
    • GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
    • Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
    • rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
  • Protozoa.
  • Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

    После всех фильтров было получено 27974521 ридов для Ancient0002 и 304785398 ридов для Ancient0004. Это показывает, что 27% ДНК из образца Ancient0002 и 90% ДНК из образца Ancient0004 не может быть идентифицировано с анализированными образцами ДНК организмов из доступных баз данных.

    Следующий этап анализа был выполнен при помощи программ megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Был получен следующий результат:

    • Ancient0002: 60852 contigs, total 50459431 bp, min 300 bp, max 24990 bp, avg 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5.39%) assembled reads.
    • Ancient0003: 54273 contigs, total 52727201 bp, min 300 bp, max 35094 bp, avg 972 bp, N50 1200 bp, 20,247,568 (65.69%) assembled reads.

    Результат анализа представлен на рисунке.

    Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

    Генетический анализ образцов тканей мумий, найденных в Перу

    Заключение

    В результате проведенного анализа было показано отсутствие соответствия образцов Ancient0002 и Ancient0004 (Виктория) геному человека, в то время как образец Ancient0003 хорошо соответствует человеческому.

    Комментарий Короткова К.Г.

    Отметим, что трехпалая рука принадлежала большому существу, сопоставимому по размеру с Марией, и полученный результат соответствует результату ДНК анализу Марии. Виктория является представителем «маленьких существ», и полученный результат показывает, что их ДНК не соответствует никаким современным земным существам. естественно, мы не имеем данных о древних существах, исчезнувших за миллионы лет.

    Ссылки

    Источник: mirtayn.ru

    Источник

    Следующая новость
    Предыдущая новость

    Журналисты выяснили, на чьем бизнес-джете прилетел в Екатеринбург патриарх Кирилл В традициях русского лубка и детских Библий: в Выборгской епархии напечатали комиксы о том, как вести себя в храме Заходите поиграть на лучших автоматах Папа Франциск прибыл в Мьянму, чтобы встретиться с гражданским и военным лидерами страны и беженцами-рохинджа В Москве освятили канатную дорогу на Воробьевых горах

    Православная лента